SARS-CoV-2 variant N. 9 identified in Rio de Janeiro, Brazil

BACKGROUND The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.33-derived lineage named N.9 was described recently in Brazil and it's considered a potential variant of interest (VOI) due to the presence of E484K substitution at the receptor-binding domain (RBD) of the Spike (S) protein. OBJECTIVE To describe the first detection of variant N.9 in Rio de Janeiro State. METHODS SARS-CoV-2 N.9 was confirmed by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR), whole-genome sequencing and phylogenetic analysis. FINDINGS Here, we report two SARS-CoV-2 N.9 lineage strains in Rio de Janeiro. One of them had only the E484K substitution of the six N.9 lineage-defining mutations. Other three strains pre-defined as N.9 have the same genomic profile. These four strains are grouped within the B.1.1.33 lineage and basal to the N.9 lineage in our phylogenetic analysis, and we call them "N.9-like/B.1.1.33 + E484K". MAIN CONCLUSIONS The phylogenetic analysis shows four independent introductions of N.9 in the state of Rio de Janeiro in October and December 2020, January and March 2021. SARS-CoV-2 N.9 dissemination in the Rio de Janeiro could have been limited by the emergence and dominance of other variants, mainly by the lineage P.2 VOI Zeta that emerged in the same period and co-circulated with N.9, as observed in the neighboring State of São Paulo.

Dinâmica molecular dos vírus Influenza A (H1N1) pandêmico em cinco anos de circulação no Brasil / Molecular dynamic of influenza a (h1n1) pandemic viruses five years of circulation in Brazil

A primeira detecção do vírus Influenza A (H1N1)pdm09 no Brasil aconteceu em maio de2009, e foi seguida de uma extensa disseminação por toda a população brasileira, com grandeimpacto em morbidade e mortalidade. Para entender a dinâmica molecular do Influenza A(H1N1)pdm09 no país, a presente tese reuniu sete trabalhos que abordaram a análise filogenéticadeste agente viral durante e após o período pandêmico (2009 a 2014) e buscou indentificarpolimorfismos virais associados à virulência e à resistência ao antiviral Oseltamivir (OST). Para isso,as metodologias realizadas foram o sequenciamento dos genes de hemaglutinina (HA) eneuraminidase (NA) utilizando a metodologia de Sanger e a metodologia de pirosequenciamento paradetectar polimorfismos de base única (SNPs).Nossos resultados revelaram a circulação de nove grupos filogenéticos ao longo dos cincoanos do estudo, indicando uma substituição temporal dos grupos e ocasionalmente umaestratificação geográfica. No entanto, nenhum dos grupos filogenéticos identificados foramassociados com um pior prognóstico da infecção por influenza. Ao contrário do que foi observado emestudos anteriores, as mutações K-15E e Q310H no gene HA não se associaram ao aumento devirulência, mesmo na infecção de indivíduos imunocomprometidos. Por outro lado, polimorfismos noresíduo 222 da HA, que caracterizaram a presença de quasispecies virais, mostraram uma forteassociação com a gravidade da infecção, especialmente em gestantes. Nesta tese, tambémrealizamos a vigilância de marcadores de resistência no gene NA. Entre as amostras analisadasencontramos sete vírus com a mutação H275Y e dois com S247N, esses marcadores estãorelacionados com a diminuição de sensibilidade ao antiviral OST. Entre as amostras resistentes, agrande maioria foi detectada na região Sul do Brasil, em pacientes que não receberam OST. Istosugere uma possível transmissão sustentada do vírus resistentes no país...

The Influenza A (H1N1)pdm09 virus was first detected in May 2009 in Brazil and later resultedin an extensive spread throughout the Brazilian population with a severe impact on morbidity andmortality. To understand the molecular dynamic of (H1N1)pdm09 virus in Brazil this thesis groupedseven papers which approached the phylogenetic reconstruction of the virus during and after thepandemic period (2009 to 2014) and the genomic identification of viral polymorphisms associated withvirulence or antiviral resistance to Oseltamivir (OST). For this, we performed genome sequencing,focusing especially on the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes using conventionalSanger sequencing and PyroMark 96ID to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs).Our results showed that in Brazil nine (H1N1)pdm09 phylogenetic groups circulated along thefive years of the study, indicating a temporal replacement of groups and ocasionally a geographicstratification. However, no phylogenetic group seemed to be associated with a worse clinical outcome.The increased virulence observed in previous studies with a 2009 group bearing the genetic markersK-15E and Q310H was not confirmed in our analyses, even evaluating an immunocompromisedpopulation. On the other hand, polymorphysms at position 222 of HA gene, which characterized thepresence of viral quasispecies, showed an association with increased virulence in brazilian samples,especially in pregnant women. In this study we also performed surveillance of resistance markers atthe NA gene. From the analysed samples we found seven viruses with H275Y and two with S247Nmutation, that diminish the sensibility to oseltamivir (OST). Among the resistant samples, the largemajority was detected in the Southern region of Brazil in patients that did not receive OST. Thissuggests a possible sustained transmission of resistant virus in the country...

Análise filogenética e padronização da técnica de eletroforese em gel com gradientes desnaturantes (DGGE) para caracterização das linhagens do vírus Influenza B identificadas durante as epidemias de 2004 a 2008 / Phylogenetic analysis and standardization of denaturing gradient gel eletrophoresis (DGGE) technique for characterization of Influenza B viruses lineages detected during the 2004-2008 epidemics

Globalmente, as infecções causadas pelos vírus Influenza constituem um importante desafio a Saúde Pública. Os vírus Influenza B pertencem à família Orthomyxoviridae, o genoma viral é constituído por um RNA de fita simples e polaridade negativa. O processo de drift antigênico favorece o contínuo aparecimento de novas variantes virais, o que demanda a reformulação anual da vacina. No início década de 80, foi observada a divergência do vírus Influenza B em duas linhagens antigênica e filogeneticamente distintas: B/Victoria/2/87-like (Vic87) e B/yamagata/16/88-like (Yam88), que têm co-circulado em diferentes países. O objetivo deste estudo consiste na identificação e caracterização molecular das linhagens de Influenza B circulantes em diferentes regiões brasileiras durante as epidemias de 2004 a 2008, com base no sequenciamento dos genes Hemaglutinina (HA) e Neuraminidase (NA). Ainda, padronizamos o protocolo de Eletroforese em Gel com Gradientes Desnaturantes (DGGE), visando à rápida tipagem dos vírus B. Diferentes substituições nos genes da HA e NA foram encontradas, e evidenciamos a co-circulação de ambas as linhagens no período estudado. Contudo, não observamos a ocorrência de rearranjo gênico, e nem a emergência de cepas resistentes aos inibidores de neuraminidase, com base nos genes investigados. No período 2006-2008, observamos a adequada concordância entre as cepas circulantes e as cepas vacinas preconizadas para o uso no Hemisfério Sul. Entretanto, o mesmo não foi verdadeiro para o período 2004-2005. Finalmente, o protocolo de DGGE desenvolvido pode ser eficientemente utilizado para fins de rápida...